Pacijenti se upućuju u Centar za radioterapiju Banja Luka na osnovu jedinstvenog mišljenja onkoloških konzilijuma u kliničkim centrima i opštim bolnicama (multidisciplinarni pristup). Zajedničkim radom u onkološkim konzilijumima, timovi ljekara Kliničkog centra (hirurg, hemioterapeut, patolog) i radioterapeuta Centra za radioterapiju, zajednički donose najkvalitetnije i pravovremene odluke o izboru terapije. Upravo ovaj faktor je od presudnog značaja za pacijente – doktrinarno i pravovremeno započinjanje tretmana koje značajno utiče na stepen preživljavanja i izlječenje.
U početku rada Centra za radioterapiju Banja Luka, Klinički centar Banja Luka je organizovao rad 10 konzilijuma za maligne tumore različitih lokalizacija. U ostalim regionima Republike Srpske, u početku su organizovani konzilijumi u Foči, Zvorniku i Bijeljini. U radu ovih konzilijuma su aktivno učestvovali i ljekari iz Centra za radioterapiju.
Tokom 2013. godine organizovani su novi konzilijumi u Trebinju i Istočnom Sarajevu čime se postigla pokrivenost čitave teritorije Republike Srpske. Sa ciljem optimizacije troškova uveden je model Konzilijuma putem video linka iz Centra za radioterapiju, čime je dodatno uređen sistem donošenja konzilijarnih odluka u kojem učestvuju svi članovi multidisciplinarnog tima, a takođe su smanjeni troškovi putovanja pacijenata u Klinički Centar Banja Luka iz udaljenih mjesta. Danas se putem video linka održavaju konzilijumi za Trebinje, Foču, Istočno Sarajevo i Zvornik.
Ukoliko konzilijum odredi pacijentu terapiju zračenjem (radioterapiju) pacijent se u zavisnosti od stabilnosti zdravstvenog stanja upućuje na hospitalizaciju u Kliničkom centru Banja Luka ili kao vanbolnički (ambulantni) pacijent dolazi od kuće na svaki zakazani tretman zračenjem.
Za pacijente koji dolaze iz udaljenih mjesta u Republici Srpskoj, a koji su u dobrom opštem stanju, tokom liječenja je u aranžmanu Fonda zdravstvenog osiguranja Republike Srpske organizovan smještaj u Gerontološkom centru Slateks Slatina. Na ovaj način je ostvareno rasterećenje posteljnog fonda Kliničkog centra Banja Luka i značajna ušteda finansijskih sredstava. I pored toga, još uvijek su prisutni povremeni problemi vezani za pravovremeni prijem bolesnika na bolničko liječenje u Kliničkom centru Banja Luka, kada je to neophodno zbog lošijeg opšteg stanja ili potrebe sprovođenja kombinovanog onkološkog liječenja, ali timovi Centra za radioterapiju i Kliničkog centra Banja Luka zajedničkim naporima pronalaze rješenja.
Vanbolnički (ambulantni) pacijenti dolaze na tretman vlastitim prevozom ili sanitetskim vozilom koje se obezbjeđjuje za pacijente kojima treba pratnja medicinskog osoblja ukoliko žive u krugu od 100 km od grada Banja Luke.
Veoma je bitno naglasiti da ova infrastruktura ranije nije postojala i da je njeno uspostavljanje rezultat osnivanja Centra za radioterapiju Banja Luka.